Rejeição 539: Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso (NF-e)
Falha
Essa rejeição será apresentada pela SEFAZ quando o emitente utilizar da mesma numeração e série já autorizada anteriormente para este CNPJ, independente da data de autorização.

Solução
Após pesquisar na SEFAZ a chave de acesso exibida na mensagem de rejeição [chNFe], validando assim a rejeição apresentada, o contribuinte têm por opção Cancelar a chave anterior para nova emissão. (Levando em consideração o prazo de cancelamento). Ou, emitir o documento atual com outra numeração não utilizada.
Link de consulta NF-e, SEFAZ nacional: http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/principal.aspx
Como essa numeração/série/CNPJ já está autorizado na SEFAZ, não tem como inutilizar este documento. Deve ser enviado o cancelamento com a chave que se encontra autorizado na SEFAZ e com o protocolo de autorização da mesma, caso seja do desejo do cliente.
Informações Complementares
Umas das maiores causas desta rejeição é a exclusão de uma chave que já teve processamento com a SEFAZ (status de pendente de retorno) para que fosse processada a mesma numeração para emissão em modalidade de contingência que altera na chave o tipo de emissão. A consequência disto é que a chave normal que estava pendente de retorno e foi excluída pode já estar autorizada na SEFAZ, porém ainda sem o devido retorno devido a falhas de comunicação.
Como será exibido no e-Monitor

Outras informações
Fonte: ------> Anexo I - Leiaute e Regra de Validação - NF-e e NFC-e