Rejeição 647: MDF-e só pode ser referenciado por manifesto do modal aquaviário (MDF-e)
Falha
Essa rejeição ocorre quando a MDF-e só pode ser referenciado por manifesto do modal aquaviário.

Solução
Verificar se informado o grupo MDFeTransp:
Verificar se o MDF-e é do modal Aquaviário.
Outras informações
Fonte: MOC MDF-e 3.00a - Visão Geral