Rejeição 541: Tipo de emitente inválido para operações interestaduais ou com exterior (MDFe)
Falha
Essa rejeição ocorre quando informado Tipo de emitente inválido para Operações Interestaduais ou com Exterior.

Solução
Verificar pois irá rejeitar se tipo emitente informado for igual a Transportador que emitirá CT-e Globalizado (tpEmit=3) e operação interestadual ou com exterior.
Outras informações
Fonte: MOC MDF-e 3.00a - Visão Geral