Rejeição 540: Não deve ser informado Conhecimento de Transporte para tipo de emitente Prestador Serviço de Transporte que emitirá CT-e Globalizado (MDFe)
Falha
Essa rejeição ocorre quando for informado Conhecimento de Transporte para tipo de emitente Prestador Serviço de Transporte que emitirá CT-e Globalizado.

Solução
Verificar se tipo emitente informado for igual a Transportador que emitirá CT-e globalizado (tpEmit=3):
O grupo de documentos CT-e não pode ser preenchido.
Outras informações
Fonte: MOC MDF-e 3.00a - Visão Geral