Rejeição 609: MDF-e já está encerrado na base de dados da SEFAZ (MDF-e)
Falha
Quando emitido um MDF-e com a mesma numeração, série, CNPJ de um outro MDF-e que já havia sido encerrado, irá retornar à rejeição 609.

Solução
Neste caso, não há o que possa ser feito. O MDF-e ficará rejeitado e só poderá ser emitido com uma nova numeração ainda não utilizada.
Exemplo
Ao emitir um MDF-e utilizando a numeração 5, série 2 e CNPJ 00.000.000/0001-01, e foi realizado o evento de encerramento. Mas o emitente, após ter realizado o encerramento deste MDF-e utilizou os mesmos dados de numeração, série e CNPJ para emitir um novo MDF-e. Irá retornar à rejeição 609.
Informação Complementar
Para essa rejeição não há exceção, pois quando uma numeração já utilizada por um MDF-e que já se encontra encerrado o documento será rejeitado retornando o número de protocolo e a data de encerramento.
Outras informações
Fonte: MOC MDF-e 3.00a - Visão Geral