Rejeição 539: Duplicidade de MDF-e, com diferença na Chave de Acesso (MDFe)
Falha
Essa rejeição ocorre quando for emitido um MDF-e e consta uma Duplicidade de MDF-e, com diferença na Chave de Acesso.

Solução
Verificar e Acessar BD MDF-e (Chave: CNPJ / CPF Emit, Modelo, Série, Nro):
Verificar duplicidade de MDF-e com diferença na Chave de Acesso.
(Campo de Código Numérico difere)
Retornar a chave de acesso já autorizada, o número do protocolo e data de autorização do MDF-e:
[chMDFe: 99999999999999999999999999999999999999999999]
[nProt:999999999999999]
[dhAut: AAAA-MM-DDTHH:MM:SS TZD]
Outras informações
Fonte: MOC MDF-e 3.00a - Visão Geral