Rejeição 539: Duplicidade de CT-e, com diferença na Chave de Acesso (CT-e)
Falha
Essa rejeição será apresentada pela SEFAZ quando o emitente utilizar da mesma numeração e série já autorizada anteriormente para este CNPJ, independente da data de autorização.

Solução
Após pesquisar na Sefaz a chave de acesso exibida na mensagem de rejeição [chCTe], validando assim a rejeição apresentada, o contribuinte têm por opção Cancelar a chave anterior para nova emissão. (Levando em consideração o prazo de cancelamento). Ou, emitir o documento atual com outra numeração não utilizada.
Exemplo
Foi emitido um CT-e para a Sefaz com as seguintes informações:
cUF = 43;
CNPJ emitente = '99.999.999/9999-99';
Série = 1;
nCT= 01.
Vamos imaginar um cenário em que a emissão desse CT-e foi realizado a partir do emissor gratuito da Sefaz e autorizada pelo mesmo. Após um tempo, o emissor envia o mesmo CT-e, já autorizado na Sefaz, pela aplicação da NDD. Quando o CT-e é recepcionada na Sefaz, o mesmo será rejeitada elo código 204.
Informações Complementares
Umas das maiores causas desta rejeição é a exclusão de uma chave que já teve processamento com a Sefaz (status de pendente de retorno) para que fosse processada a mesma numeração para emissão em modalidade de contingência que altera na chave o tipo de emissão. A consequência disto é que a chave normal que estava pendente de retorno e foi excluída pode já estar autorizada na Sefaz, porém ainda sem o devido retorno devido a falhas de comunicação.
Link de consulta CT-e, SEFAZ nacional: Portal do Conhecimento de Transporte Eletrônico
Como essa numeração/série/CNPJ já está autorizado na Sefaz, não tem como inutilizar este documento. Deve ser enviado o cancelamento com a chave que se encontra autorizado na Sefaz e com o protocolo de autorização da mesma, caso seja do desejo do cliente.
Como será exibido no e-Monitor

Outras informações
Fonte: Manual de Orientações do Contribuinte - Visão Geral - Versão 3.00a - abril/2019 (PDF)